El agujero yugular (JF) es una de las dos aberturas entre la parte lateral del hueso occipital y la parte petrosa del hueso temporal. El agujero suele estar dividido en 2 por una espina ósea desde el hueso temporal petroso que se une a través de un puente fibroso (que es óseo en un 26%) a la apófisis yugular del hueso occipital. El JF derecho suele ser más grande que el izquierdo. La cresta carotídea separa el JF del canal carotídeo cercano. Contenido del agujero yugular (FJ): Cr. N. IX, X, XI, seno petroso, seno sigmoideo, algunas ramas meníngeas de las arterias faríngea y occipital ascendentes.

Cerca: Cr. N. XII pasa por el canal hipogloso justo por encima del cóndilo occipital. La arteria carótida con el plexo simpático entra en el canal carotídeo.

La compartimentación del agujero yugular sigue siendo controvertida. A lo largo de los años se han descrito hasta 4 forámenes. Aunque había sido reconocido previamente, una descripción temprana de 2 compartimentos fue publicada en 1967 por Hovelacque. En este, la espina ósea (± su tabique fibroso) divide el foramen en:

• Pars vascularis: el compartimento posterolateral más grande que contiene el nervio vago (y el nervio de Arnold ramificado), el nervio accesorio espinal y la vena yugular interna.
• Pars nervosa: el compartimento anteromedial más pequeño que contiene el nervio glosofaríngeo (y el nervio de Jacobson ramificado), seno petroso inferior y rama meníngea de la arteria faríngea ascendente.

Una publicación en 1997 describió estos 3 compartimentos:

• Sigmoide: gran compartimento posterolateral que contiene seno sigmoideo.
• Petroso: compartimento anteromedial más pequeño que contiene seno petroso.
• Intrayugular o neural: CN IX, X y XI.